2023年3月海南省自然资源和规划厅(简称省资规厅)印发了《关于推进海域使用权立体分层设权的通知(试行)》，探索在全省范围内开展海域立体分层设权工作2025年5月1日实施《海南省实施(中华人民共和国海域使用管理法〉办法》，明确水面、水体、海床、底土可分层出让，在全省实施海域使用权立体分层设权。同时，通过国土空间规划积极引导推动海域立体利用。2024年7月出台的《海南省自然资源和规划厅 海南省财政厅关于进一步加强用海用岛要素保障的通知》(琼自然资函[2024]979号)明确，鼓励海上风电与深远海养殖、海洋牧场、休闲渔业、海洋旅游等融合发展。在风电场确权范围内，采用海域立体分层设权的开放式养殖用海，按照网箱实际占用海域计算用海面积，海域使用金按开放式养殖用海标准的50%计征;在风电场四至范围内、确权范围外的开放式养殖用海，应当依法取得海域使用权，按照网箱实际占用海域计算用海面积，按开放式养殖用海标准计征海域使用金。目前，海南省已开展4例海域立体分层设权用海并办理了相应的不动产登记。
2022年11月，省资规厅会同省财政厅、省农业农村厅出台《关于支持海洋渔业高质量发展有关用海政策的若干意见》(琼自然资规[2022]5号)，通过强化用海空间规划、明确用海支持政策、优化用海服务和监管等措施，旨在规范养殖用海行为，满足渔业发展用海的需求，为加快构建海洋渔业绿色发展空间格局、优化产业结构和转变生产方式提供重要保障。《海南省自然资源和规划厅 海南省财政厅关于进一步加强用海用岛要素保障的通知》(琼自然资函(2024]979号)，进一步加大对种业的支持，根据亲鱼安放、育种活动需要，省农业农村厅会同省资规厅、省生态环境厅、省林业局等单位，可在生态保护红线内自然保护地核心保护区外，统一组织选划论证用海区域，并统一报省政府出具生态保护红线内允许有限人为活动的认定意见，作为在选划用海区域内审批新增亲鱼安放、育种活动(围海养殖除外)的依据。
2023年1月，省资规厅会同省财政厅、省旅文厅出台《关于加强海洋旅游业用海要素保障和服务管理的若干意见》(琼自然资规[2023]2号)，整体上以资源要素保障、用海活动规范和安全管理、海洋生态环境保护为出发点，把利民惠民摆在突出位置。该《意见》也是全国第一个专门从用海要素保障和活动规范层面支持海洋旅游业发展的政策文件，助推海洋旅游业健康有序发展，并被其他沿海省份广泛借鉴。
《海南省自然资源和规划厅 海南省财政厅关于进一步加强用海用岛要緊保障的通知》明确，调整海域使用金减免流程。将省财政厅、省资规厅的海域使用金免批准权限(不含围填海项目、跨市县海域使用项目)委托给市、县财政部门、海域使用权审批部门，同时简化项目海域使用金减免手续的，允许项在申报项目用海时一并提出海域使用金减免申请。符合海域使用金减免条件的,可在下达项目用海批复时，一并下达海域使用金减免批复，大幅提升了审批效率，为全国海洋管理制度提供了“海南范式”。
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海南海域立体分层设权案例
2025年5月1日,《海南省实施〈中华人民共和国海域使用管理法〉办法》正式实施，新规核心在于:能用一层，绝不占一片，明确海域空间“立体生长”的方向。截至2025年7月底，全省已有4个典型项目受益于“立体用海”。从首次标注重叠范围，到首次明确空间层，再到首次划定高程，海南立体用海、管海的精细化程度不断提升。
在陵水，海南海底数据中心一期项目用到水面、水体、海床3层，用海面积约14.46公顷，宝贵的底土空间仍可他用。
在三亚，跨宁远河连通通道工程分层使用海域:水面建桥、水体用于施工围堰，它的不动产权证宗海图上，首次明确地标注了重叠用海的范围;三亚月亮岛市政接驳工程则只需在底土中埋管道，便精准申请到约1.18公顷的底土空间，它的不动产权证首次明确标注了具体的“用海空间层”。
乐东黎族自治县佛罗镇大角湾砂质海岸后方(陆域)水产养殖集中取排水工程，使用水体和底土2层，其不动产权证首次明确了用海空间层的“高程范围”(相当于精确的楼层高度)，为未来上下层用海划清了界限。（据《海南自由贸易港封关百问》）
