《海南自由贸易港建设总体方案》提出“在实现有效监管的前提下，建设全岛封关运作的海关监管特殊区域”。在货物贸易领域，实行以“零关税”为基本特征的自由化便利化制度安排，赋予海南自由贸易港“一线放开、二线管住、岛内自由”进出口政策制度安排。海关总署出台《中华人民共和国海关对海南自由贸易港监管办法》和相关配套监管制度，明确了全岛封关后，海南自由贸易港与境外之间进出的货物进入内地以及海南自由贸易港内的海关监管要求，海南自由贸易港与内地的综合保税区等传统海关特殊监管区域在海关监管上有较大不同，主要体现在以下三个方面。
（一）“一线”进口方面。除依法需要检验检疫或者实行许可证件管理的货物外，对进口“零关税”货物、保税货物，海关按规定实施径予放行。2020年6月，该政策率先在洋浦保税港区开展试点，并逐步扩大到海口综合保税区、海口空港综合保税区和洋浦经济开发区，极大提升了通关时效，降低了企业通关成本。封关后，该政策将在海南自由贸易港全域范围内实施径予放行。目前，内地海关特殊监管区域除上海洋山特殊综合保税区外，均不实施径予放行。
（二）“二线”出岛方面。海关仅对自海南自由贸易港进入内地的“零关税”货物、享受加工增值政策的货物、放宽贸易管理措施的货物三类货物实行监管，并在海南自由贸易港“二线口岸”设置海关监管通道。上述三类货物经“二线口岸”海关监管通道进入内地，其他国内流通货物经非海关监管通道通行，按国内流通规定管理，内地进入海南自由贸易港的货物按国内流通管理，海关不实施监管。此外，为进一步简化“二线”出岛申报手续，海关大幅压缩“二线”出岛申报项目。内地海关特殊监管区域与境内之间进出的货物，应当按照规定向海关办理进口相关手续。
（三）“岛内自由”方面。海关在海南自由贸易港内实施低干预、高效能的精准管理，确保企业自主经营，重点聚焦“零关税”货物等三类货物的流转、加工，开展全流程信息化跟踪管理。海南自由贸易港内有居民活动、商业消费、社会管理等活动，不实施物理围网管理。内地海关特殊监管区域实施物理围网管理，区内不得居住人员。（据《海南自由贸易港封关百问》）
