加工增值免税政策是海南自由贸易港核心政策之一。封关运作前，加工增值试点企业采购的境内料件不对海南自产货物进行区分，在计算加工增值率时要扣除全部境内料件。封关后，加工增值免税政策在增值率计算方面进行了优化，即把境内采购料件区分为海南自产货物和内地货物，经认定的海南自产货物价值可以从加工增值备案企业使用的境内采购料件价格中扣除，计入增值部分。这将鼓励加工增值企业在生产过程中使用海南自产货物，有利于海南自产货物企业与加工增值企业保持更加紧密的合作关系，鼓励海南本地产业发展。
《海南自由贸易港加工增值免税政策项下海南自产货物认定管理暂行办法》明确了海南自产货物与内地货物的区分标准、认定条件和程序、海南自产货物使用管理等相关内容。一是要求申请主体在海南自由贸易港进行市场主体登记注册，且具有独立法人资格，并将海南自产货物限定为在海南自由贸易港完全获得、生产的货物及其加工制成品。二是依托中国（海南）国际贸易“单一窗口”实行线上市县初核、省级复核，并经公示无异议后，申请的企业（货物）将纳入名录管理，可以向相关的加工增值备案企业提供海南自产货物。自产货物的判定，可形象地概括为“地里长出来的、水里养出来的、山里挖出来的”，覆盖面很广。（据《海南自由贸易港封关百问》）
