目前，海南自由贸易港交通工具及游艇“零关税”政策、海南自由贸易港内外贸同船运输境内船舶加注保税油和本地生产燃料油政策适用于全岛封关运作前，封关后的相关政策暂未出台。《海南自由贸易港国际船舶条例》、海南自由贸易港国际运输船舶有关增值税政策、海南自由贸易港试行启运港退税政策无变化。封关后，海南自由贸易港将实行特殊的船舶登记审查制度。
（一）根据《海南省人民政府关于印发〈海南自由贸易港“零关税”进口交通工具及游艇管理办法（试行）〉的通知》（琼府〔2025〕9号），海南自由贸易港交通工具及游艇“零关税”政策适用于全岛封关运作前。全岛封关运作前，在海南自由贸易港登记注册并具有独立法人资格，且从事交通运输、旅游业的企业（航空企业须以海南自由贸易港为主营运基地），符合条件的，可以按政策规定进口“零关税”交通工具及游艇，用于交通运输、旅游业。
（二）根据《关于海南自由贸易港内外贸同船运输境内船舶加注保税油和本地生产燃料油政策的通知》，海南自由贸易港内外贸同船运输境内船舶加注保税油和本地生产燃料油政策适用于封关前。全岛封关运作前，对以洋浦港作为中转港从事内外贸同船运输的境内船舶，允许其在洋浦港加注本航次所需的保税油；对其在洋浦港加注本航次所需的本地生产燃料油，实行出口退税政策。海南省本地燃料油生产企业凭燃料油出口货物报关单（备注栏注明“用于内外贸同船运输境内船舶加注”字样）等有关材料，向税务部门申报出口退（免）税。上述保税油和适用出口退税政策的本地生产燃料油统称为“不含税油”。本条规定的境内船舶加注的本航次所需不含税油，免征关税、增值税和消费税。
（三）根据《海南自由贸易港国际船舶条例》，海南以“全岛一港”创建国际船舶注册机制，打破船籍港由船舶所有人依据其住所或主要营业场所所在地就近选择的规定，明确在海南全岛依法设立的企业所有、融资租赁或光船租赁的国际船舶注册船籍港为“中国洋浦港”，解决了海南洋浦经济开发区以外市县的企业不能以“中国洋浦港”为船籍港的问题。注册在三亚、海口等地的航运企业可以选择“中国洋浦港”作为船舶登记港，并享受海南自由贸易港零关税、出口退税等政策。
（四）根据《财政部 交通运输部 税务总局关于延续实施海南自由贸易港国际运输船舶有关增值税政策的通知》，对境内建造船舶企业向运输企业销售且同时符合“购进船舶在‘中国洋浦港’登记”和“购进船舶从事国际运输和港澳台运输业务”两个条件的船舶，实行增值税退税政策，由购进船舶的运输企业向主管税务机关申请退税。
（五）根据《财政部 海关总署 税务总局关于海南自由贸易港试行启运港退税政策的通知》，对符合条件的出口企业从启运地口岸（以下称启运港）启运报关出口，由符合条件的运输企业承运，从水路转关直航或经停指定口岸（以下称经停港），自离境地口岸离境的集装箱货物，实行启运港退税政策。对从经停港报关出口、由符合条件的运输企业途中加装的集装箱货物，符合前款规定的运输方式、离境地点要求的，以经停港作为货物的启运港，也实行启运港退税政策。（据《海南自由贸易港封关百问》）
